金税工程是为落实"依法治税、从严治队"的工作方针，按照"科技加管理"的工作思路，实现中国税务系统各项管理工作信息化和专业化的信息系统工程的总称。金税工程以税收征管业务为主体，包括了税收行政管理系统等内容，是一个业务覆盖全面、功能强大、监控有效、全国联网运行的税收信息管理系统，实现中国税收征管工作全部在网络上运行，可以进一步减少税收执法随意性，防范和打击犯罪，减少监控死角，确保税收收入的持续稳定增长。金税工程将成为中国电子政府工程的核心系统之一。
    一、金税工程一期1994年1月1日起我国全面推行新税制。在深入探讨我国增值税特点以及如何用高科技手段解决利用增值税专用发票偷税骗税基础上，航天信息服务股份有限公司和电子部根据国务院领导的指示，为国家税务总局分别开发了防伪税控和交叉稽核这两个相互独立运行的系统，即金税工程一期。通过试运行发现，由于两个系统独立运行，需要对增值税专用发票数据进行重复录入，造成大量的人为错误，从而导致稽核结果的错误。另外，由于试点范围有限，当时只在50个城市建立了稽核网络，对其他地区的专用发票没有办法进行交叉稽核，因而运行结果不是很理想。
    二、金税工程二期1998年，国家税务总局在总结试运行经验的基础上提出金税工程二期建设方案。方案的主要内容及实施步骤是：首先，在全国范围内建立覆盖总局、省局、地（市）局和县（区）局的四级计算机网络；总局、省局和地市局三级税务部门利用计算机网络进行增值税专用发票交叉稽核；将交叉稽核和防伪税控这两个原本相互独立的系统捆绑运行，做到数据共享、功能互补，解决数据的准确性和完整性问题。通过以上措施，首先达到杜绝利用假票和大头小尾票作案的目标，并在一定程度上遏制虚开专用发票案件。第二步，要将增值税征管各环节都放在网络上运行。尤其要全面采集一般纳税人的增值税纳税申报信息和税款入库信息，对企业的增值税申报和缴纳情况进行评估监控，并将专用发票信息与增值税税款的申报、缴纳信息进行比对，以真正实现税控，从根本上遏制虚开专用发票案件。按照这一方案，金税工程二期于2001年1月1日和7月1日先后在各省、自治区、直辖市和计划单列市开通，实现了全面覆盖各地区的目标，一般纳税人从2001年初的40万户扩大到2002年底的56万户，占纳税人户数的43％。专用发票从2001年初的300多万份到2001年7月份的700多万份再到2002年底的1480万份，翻了两番，占总发票量的60％。
    目前运行的金税工程二期由四个子系统组成，包括防伪税控开票系统、防伪税控认证系统、增值税专用发票交叉稽核系统和增值税专用发票协查系统。其功能分别是：防伪税控开票系统：销货方企业通过防伪税控开票子系统向购货方开具增值税专用发票，防伪税控开票子系统保证增值税专用发票销项数据的真实性和完整性，作为金税工程的数据源将销项数据传到稽核系统；防伪税控认证系统：购货方企业将增值税专用发票抵扣联通过防伪税控认证子系统进行真伪认证，防伪税控认证系统保证专用发票进项数据采集的真实性，认证相符的抵扣联信息进入计算机稽核系统，认证不符的信息传输到发票协查系统进行处理；专用发票交叉稽核系统：稽核系统用采集的进项数据去比对相应的销项数据，如果比对不上或比对不符，有可能是进项税额信息虚假，也有可能是销项税额信息虚假或漏采及企业未报税，须移送协查系统检查；专用发票协查系统：发票协查系统接受委托或按照上级税务机关的指令，对有疑问的或已经确定虚开的增值税专用发票进行查处。
    金税工程这四个系统相互协同，组成一个有机的整体，将增值税专用发票运行情况置于计算机网络的严密监控之下，基本解决了利用"假票"、"大头小尾发票"作案犯罪的问题，大大压缩了利用"真票虚开"方式作案犯罪活动的空间，虚开发票案件大幅度下降，受到行政和刑事责任追究的税务人员也急剧减少，其作为增值税的生命线、打击偷漏税的"杀手锏"和税务干部队伍建设重要基础的作用已经初步显现。但同时应该看到，在推行金税工程以后，虽然专用发票案件数量逐步减少，案件涉及的税额也不断降低，但在有些地区虚开专用发票的案件仍时有发生，其主要原因是金税工程目前覆盖的范围有限，只能采集和稽核专用发票信息，增值税征管的其他一些环节，如一般纳税人认定、发票的发行发售以及增值税税款的申报与缴纳，尚未全部纳入金税工程网络运行，金税工程二期的功能仍然需要加以完善和拓展。
    三、金税工程二期的完善与拓展完成完善与拓展后的金税工程二期将由11个子系统组成，即防伪税控开票系统、防伪税控认证系统、专用发票交叉稽核系统、专用发票协查系统、防伪税控发行系统、防伪税控发售系统、防伪税控报税系统、增值税一般纳税人认定系统、增值税专用发票内部管理系统、增值税电子申报系统和增值税纳税评估系统。通过拓展，将建立纳税人发票开具情况与税款申报缴纳情况相互稽核的机制，全面实现金税工程的税控功能，从根本上防范"真票虚开"的犯罪活动。通过对现有系统的完善，将进一步强化系统在防范"假票"、"大头小尾发票"等方面的功能，提高系统运行效率。金税工程二期完善与拓展后，将成为基于网络运行基础之上的覆盖增值税征收管理各环节的信息管理系统，将为进一步加强增值税征管工作发挥重要作用。
    从1998年重新构建"金税工程"总体方案以来，进展如何？
    防伪税控开票子系统的推广将分3年进行，从2000年到2002年底前，全国所用的120万户增值税一般纳税人均要配备并使用防伪税控开票子系统，除了目前已使用该系统18万户增值税一般纳税人外，2000计划推广25万户，2001年 、2002年分别推广40万户。
    全国的防伪税控认证子系统设备届时将配备到每个税务征收机关。目前，百万元版、十万元版和部分万元版发票已由防伪税控系统开具，取消手工版。从2003年1月1日起，全国将统一废止手写版增值税发票。稽核系统、协查系统，2001年1月1日以前在5省4市试运行，2001七月1日后将在我国其它22个省市全面进行。
    自从认证系统推行以来，2000年1月份的统计表明，税务机关已认证不符合规定的发票8587份，税款近2亿元人民币，犯罪分子已很难用一张增值税专用发票骗取1.7万元（这是万元版手工发票所能开具的最大含税额）以上的税款，虚开增值税发票的犯罪案件数量和涉案金额近期已明显呈现下降趋势。